蜂蜜中含有的矿物元素达54种，其中主要元素为Na、K、Ca、Mg、P、S、Cl，微量元素为Al、Cu、Pb、Zn、Mn、Cd、Tl、Co、Ni、Rb、Ba、Be、Bi、U、V、Fe、Pt、Pd、Te、Hf、Mo、Sn、Sb、La、I、Sm、Tb、Dy、Sd、Th、Pr、Nd、Tm、Yb、Lu、Gd、Ho、Er、Ce、Cr、As、B、Br、Cd、Hg、Se、Sr。

其中K、Na、Ca、Mg平均含量可达10mg/100g以上。新疆红花蜜中K元素平均含量79.01mg/100g，Ca元素平均含量为2.69mg/100g。禹晓梅等通过微波消解原子吸收分光光度法测定不同蜂蜜中矿物质元素，研究表明，玫瑰蜜中Fe和Cu含量较高，平均含量为0.76mg/100g和0.01mg/100g；枇杷蜜中Mg含量较高，平均含量为1.79mg/100g；荆条蜜中Na含量较高，平均含量为24.43mg/100g；椴树蜜中K和Zn含量较高，平均含量为55.56mg/100g和0.148mg/100g；枣花蜜中Ca含量高，平均含量为5.473mg/100g。

蜂蜜中矿物质元素主要来源于环境土壤，并迁移到蜜源植物以及蜜蜂中，存留于蜂蜜内。通过分析蜂蜜中矿物质元素，可进行蜂蜜蜜源与产地判别。何忠萍等通过建立蜂蜜中蜜源与产地的溯源分析模型，得到四川省4个不同地区6种不同蜜源的特征矿物质元素，建立了As、B、Ca、Cd、Cu、K元素产地判别模型以及B、Ca、Cu、K、Na蜜源判别模型。

此外，由于环境中矿物质元素由植物吸收代谢进而存在于其分泌物中，之后又被蜜蜂采集酿造为蜂蜜，所以蜂蜜中矿物质或者重金属元素的含量也反映出蜜源产地及其环境污染情况。因此，近年来蜂蜜也常作为环境污染的生物指标。